中國科學院新疆理化技术研究所是在原中國科學院新疆物理研究所和新疆化学研究所的基础上整合成立。 
  原中國科學院新疆物理研究所、新疆化学研究所前身是原中國科學院新疆分院筹委会的物理、化学研究室,在此基础上于1961111正式成立了中國科學院新疆分院物理研究所、和中國科學院新疆分院化学研究所1970年,原兩所下放自治區科技廳(後爲自治區科委)管理,研究所名稱改爲新疆維吾爾自治區物理和化學研究所1978年,随着中國科學院新疆分院的恢复,原两所回归中國科學院,正式命名为中國科學院新疆物理研究所中國科學院新疆化学研究所
 
  原中國科學院新疆物理、化学研究所自筹建、成立到2002328整合成立新所40多年的歲月中。老一代的各民族科技工作者,肩負著祖國的期望和曆史的責任,白手起家,一切從頭開始,在極其簡陋和艱苦的條件下,團結奮鬥、努力拼搏,一步步地建立、發展和形成了輻射物理、計算機應用、半導體敏感材料及器件和應用化學、生物化學、天然産物化學等研究學科方向。始終堅持緊緊圍繞著我國的航天、國家安全建設,特別是爲新疆少數民族地區的社會、科技進步與人才培養做出了重要地貢獻。
先後取得科技成果403項,其中獲得國家及省、部級以上獎勵150多项;申请国家專利150项,其中发明專利131項,獲得授權81項。並爲自治區培養和輸送了一大批管理、科技、教育等領域的人才。